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[ベンチマーク結果]
Query= Test (560 letters) *1
Database: nt 1,691,348 sequences; 7,948,637,679 total letters
Machine: P4 2.4GHz 256MB memory 1台 + AthlonXP 1700+ 256MB memory 3台
Command Line:
time mpirun -np 4 /usr/local/bin/mpiblast --config-file=/usr/local/etc/
mpiblast.conf -p blastn -d nt -i test.seq -o blast_results.txt
Result: 39sec. (*これは最適化していない4ノードクラスタでの結果です)
この結果はDual Xeon2.8GHz 1GB memoryのシステム1台でswap outしないようにntデータベース
をマルチボリュームでformatdbして同じ検索をした場合の100secを大幅に上回りました。
このDual Xeonシステムはhdparm -Ttで計測して以下のディスク性能がでておりUltra320 SCSIの
システム以上のBlast性能が出ています。
Timing buffer-cache reads: 128 MB in 0.27 seconds =474.07 MB/sec
Timing buffered disk reads: 64 MB in 0.49 seconds =130.61 MB/sec
*1 BLASTに含まれているREADME.bls中にある Test sequence.
>Test
AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC
TTCTGAACTGGTTACCTGCCGTGAGTAAATTAAAATTTTATTGACTTAGGTCACTAAATACTTTAACCAA
TATAGGCATAGCGCACAGACAGATAAAAATTACAGAGTACACAACATCCATGAAACGCATTAGCACCACC
ATTACCACCACCATCACCATTACCACAGGTAACGGTGCGGGCTGACGCGTACAGGAAACACAGAAAAAAG
CCCGCACCTGACAGTGCGGGCTTTTTTTTTCGACCAAAGGTAACGAGGTAACAACCATGCGAGTGTTGAA
GTTCGGCGGTACATCAGTGGCAAATGCAGAACGTTTTCTGCGTGTTGCCGATATTCTGGAAAGCAATGCC
AGGCAGGGGCAGGTGGCCACCGTCCTCTCTGCCCCCGCCAAAATCACCAACCACCTGGTGGCGATGATTG
AAAAAACCATTAGCGGCCAGGATGCTTTACCCAATATCAGCGATGCCGAACGTATTTTTGCCGAACTTTT
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