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Bioinformatics.org からBioBrew 1.0 がGPLで公開されています

Bioinformatics.org のBioBrew Linux は、クラスタおよびグリッド対応ソフトとNCBI toolkit, BLAST, mpiBLAST, HMMER, ClustalW, GROMACS, PHYLIP, WISE, FASTA, and EMBOSS他のBioinformatics用ソフトを含むクラスタ志向のdistribution です。

MPI、PVM以外に、Sun Grid EngineとGlobus Tool Kit の現在主流のグリッド化ツールが両方とも含まれており、グリッドを適用し易いBioinformatics系のソフトでは、試してみる価値があるでしょう。
ただ、システムが、より複雑化するためWet系の研究者に受け入れられるかどうかという懸念はあります。

mpiBLASTが公開されました

商用のparallel BLASTは数種販売されていましたが、mpi対応のblastは公開されていませんでした。しかし、やっとmpiBLASTがLos Alamos National LaboratoryからGPLで公開されました。 http://mpiblast.lanl.gov
Version1.01をテストしてみたところ、低スペックのシステムでもかなり高速です。共有ディスク領域から各ノードのローカルディスクにDBがコピーされて実際の検索が行われているため懸念されていたネットワークによる律速も抑えられています。

[ベンチマーク結果]
Query= Test (560 letters) *1
Database: nt 1,691,348 sequences; 7,948,637,679 total letters
Machine: P4 2.4GHz 256MB memory 1台 + AthlonXP 1700+ 256MB memory 3台
Command Line：
time mpirun -np 4 /usr/local/bin/mpiblast --config-file=/usr/local/etc/ mpiblast.conf -p blastn -d nt -i test.seq -o blast_results.txt

Result: 39sec. (＊これは最適化していない4ノードクラスタでの結果です)

この結果はDual Xeon2.8GHz 1GB memoryのシステム1台でswap outしないようにntデータベースをマルチボリュームでformatdbして同じ検索をした場合の100secを大幅に上回りました。
このDual Xeonシステムはhdparm -Ttで計測して以下のディスク性能がでておりUltra320 SCSIのシステム以上のBlast性能が出ています。
Timing buffer-cache reads: 128 MB in 0.27 seconds =474.07 MB/sec
Timing buffered disk reads: 64 MB in 0.49 seconds =130.61 MB/sec
*1 BLASTに含まれているREADME.bls中にある Test sequence.
>Test
AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC
TTCTGAACTGGTTACCTGCCGTGAGTAAATTAAAATTTTATTGACTTAGGTCACTAAATACTTTAACCAA
TATAGGCATAGCGCACAGACAGATAAAAATTACAGAGTACACAACATCCATGAAACGCATTAGCACCACC
ATTACCACCACCATCACCATTACCACAGGTAACGGTGCGGGCTGACGCGTACAGGAAACACAGAAAAAAG
CCCGCACCTGACAGTGCGGGCTTTTTTTTTCGACCAAAGGTAACGAGGTAACAACCATGCGAGTGTTGAA
GTTCGGCGGTACATCAGTGGCAAATGCAGAACGTTTTCTGCGTGTTGCCGATATTCTGGAAAGCAATGCC
AGGCAGGGGCAGGTGGCCACCGTCCTCTCTGCCCCCGCCAAAATCACCAACCACCTGGTGGCGATGATTG
AAAAAACCATTAGCGGCCAGGATGCTTTACCCAATATCAGCGATGCCGAACGTATTTTTGCCGAACTTTT

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Linuxとバイオインフォマティックス

Celera、Incyte、Tularicといった企業や大学・研究機関の多くがLinuxを使用し、新しいソフトウェア開発のほとんどがLinux上でなされていると言ってもいいでしょう。クラスタ対応のソフトウェアはまだそれほど多くありませんが、クラスタ対応していないソフトであってもバッチキューイングシステムによってクラスタで並行処理できるソフトウェアは数多くあります。整理ができていませんが参考になるサイトのリストを載せてみました。

バイオインフォマティックスソフトウェア関連サイト

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